Cheminformatics Microservice

• Python Submodules
  • app.modules.npscorer module
    • get_np_model()
    • get_np_score()
    • score_mol()
    • score_mol_with_confidence()
  • app.modules.depiction module
    • get_cdk_depiction()
    • get_rdkit_depiction()
  • app.modules.decimer module
    • convert_image()
    • get_predicted_segments()
    • get_predicted_segments_from_file()
    • get_segments()
  • app.modules.classyfire module
    • classify()
    • result()
  • app.modules.alldescriptors module
    • get_all_cdk_descriptors()
    • get_all_rdkit_descriptors()
    • get_cdk_rdkit_combined_descriptors()
    • get_table()
    • get_tanimoto_similarity()
• Tools
  • app.modules.tools.surge module
    • generate_structures_SURGE()
    • get_heavy_atom_count()
  • app.modules.tools.sugar_removal module
    • get_sugar_info()
    • remove_circular_sugar()
    • remove_linear_and_circular_sugar()
    • remove_linear_sugar()
• Toolkits
  • app.modules.toolkits.rdkit_wrapper module
    • check_RO5_violations()
    • get_2d_mol()
    • get_3d_conformers()
    • get_GhoseFilter()
    • get_PAINS()
    • get_REOSFilter()
    • get_RuleofThree()
    • get_VeberFilter()
    • get_ertl_functional_groups()
    • get_properties()
    • get_rdkit_CXSMILES()
    • get_rdkit_HOSE_codes()
    • get_rdkit_descriptors()
    • get_sas_score()
    • get_tanimoto_similarity_rdkit()
    • has_stereochemistry()
    • is_valid_molecule()
  • app.modules.toolkits.cdk_wrapper module
    • get_CDK_HOSE_codes()
    • get_CDK_IAtomContainer()
    • get_CDK_SDG()
    • get_CDK_SDG_mol()
    • get_CDK_descriptors()
    • get_CXSMILES()
    • get_InChI()
    • get_aromatic_ring_count()
    • get_canonical_SMILES()
    • get_cip_annotation()
    • get_murko_framework()
    • get_smiles_opsin()
    • get_tanimoto_similarity_CDK()
    • get_tanimoto_similarity_ECFP_CDK()
    • get_tanimoto_similarity_PubChem_CDK()
    • get_vander_waals_volume()
  • app.modules.toolkits.openbabel_wrapper module
    • get_ob_InChI()
    • get_ob_canonical_SMILES()
    • get_ob_mol()
• COCONUT Modules
  • app.modules.coconut.preprocess module
    • get_COCONUT_preprocessing()
    • get_mol_block()
    • get_molecule_hash()
    • get_representations()
  • app.modules.coconut.descriptors module
    • get_COCONUT_descriptors()
    • get_descriptors()